Kolejne badania dotyczyły monitoringu i badania bioróżnorodności bakterii z gatunków: Erwinia atroseptica (obecnie Pectobacterium atrosepticum), Erwinia carotovora (obecnie Pectobacterium carotovorum) i Erwinia chrysanthemi (obecnie rodzaj Dickeya) izolowanych z plantacji nasiennych ziemniaka oraz zastosowania markerów molekularnych do badania zmienności bakterii należących do tych gatunków. Prace prowadzono w ścisłej współpracy z Państwową Inspekcja Ochrony Roślin i Nasiennictwa. Efektem tych badań były dwie kolejne rozprawy doktorskie: „Wykrywanie, identyfikacja i badanie zróżnicowania genetycznego polskiej kolekcji bakterii Erwinia carotovora subsp. atroseptica/Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum” przygotowana przez Wojciecha Śledzia (2002) i „Zastosowanie markerów molekularnych w badaniu zmienności genetycznej bakterii z rodzaju Erwinia” przygotowana przez Małgorzatę Waleron (2002).
W następnych latach kontynuowano badania nad regulacją procesu wirulencji w komórkach bakterii z rodzaju Dickeya oraz poszukiwaniem czynników biologicznych mogących ograniczać rozprzestrzenianie się infekcji wywoływanej przez bakterie pektynolityczne. Rozprawę doktorską z tego zakresu zatytułowaną „Analiza czynnika warunkującego wyciszanie sygnalizacji międzykomórkowej, opartej o laktony acylo-homoserynowe, wytwarzanego przez Ochrobactrum sp. A44” przygotowała Joanna Przysowa (2008).
Kontynuacja prac nad polską populacją bakterii powodujących choroby zwane: czarna nóżka i mokra zgnilizna ziemniaka i opracowywaniem nowoczesnych metod ich wykrywania i identyfikacji doprowadziła do przygotowania przez Monikę Sławiak w roku 2009 rozprawy doktorskiej zatytułowanej „Nowe markery i sondy molekularne do wykrywania, identyfikacji i klasyfikacji bakterii z rodzaju Pectobacterium i Dickeya”.
W kolejnych latach kontynuowano badania nad poszukiwaniem biologicznych czynników ochrony roślin ziemniaka przed bakteriami pektynolitycznymi. Sylwia Jafra w ramach rozprawy habilitacyjnej zatytułowanej „Analiza czynnika degradującego laktony N-acylo-homoseryny związki o kluczowym znaczeniu w patogenezie bakterii pektynolitycznych” (2011) scharakteryzowała szczep bakterii z rodzaju Ochrobactrum spp. wytwarzający enzym degradujący laktony N-acylo-homoseryny, związki sygnałowe istotne w procesie sygnalizacji między komórkami bakterii (tzw. sygnalizator zagęszczenia populacji bakterii, ang. quorum sensing, mogący znaleźć zastosowanie w biokontroli bakterii pektynolitycznych).
Poszukiwania związków biologicznych o aktywności antybakteryjnej doprowadziły do obrony przez Annę Szpitter w roku 2012 rozprawy doktorskiej zatytułowanej „Badanie mechanizmu przeciwbakteryjnego działania ekstraktów z roślin owadożernych z gatunku Dionaea muscipula”.
Inna grupa badań prowadzonych w ZOBR to badania dotyczące możliwości wykorzystania bakteriofagów ochronie roślin przed bakteriami pektynolitycznymi. Osiągniecie naukowe zatytułowane „Nowe bakteriofagi lityczne o szerokim zakresie gospodarza i ich potencjał w biologicznej ochronie ziemniaka (Solanum tuberosum L.) przed bakteriami pektynolitycznymi z rodzaju Pectobacterium spp. i Dickeya spp.” było podstawą uzyskania przez Roberta Czajkowskiego w roku 2016 stopnia dr. habilitowanego.
Dalsze prace doktorantów ZOBR koncentrowały się na badaniach czynników molekularnych warunkujących patogeniczność bakterii z rodzaju Dickeya solani. W roku 2015 Marta Potrykus obroniła rozprawę doktorską zatytułowaną „Charakterystyka molekularnego mechanizmu warunkującego patogeniczność bakterii z rodzaju Dickeya spp. na roślinach” a Małgorzata Golanowska „Charakterystyka szczepów Dickeya solani i identyfikacja związków pochodzenia roślinnego indukujących produkcję czynników wirulencji przez te bakterie”.
Równocześnie kontynuowana była tematyka dotycząca zastosowania nowych technologii w identyfikacji różnicowaniu bakteryjnych patogenów roślin. W roku 2017 Małgorzata Waleron uzyskała stopień dr. habilitowanego na podstawie osiągnięcia naukowego zatytułowanego: „Opracowanie metod identyfikacji i różnicowania genetycznego bakteryjnych patogenów roślin z wykorzystaniem technik RFLP i sekwencjonowania genów metabolizmu podstawowego”.
Następnie realizowane były badania dotyczące charakterystyki pangenomów i badań z zakresu genomiki porównawczej bakterii pektynolitycznych pt. „Identyfikacja i charakterystyka genów indukowanych w komórkach bakteryjnych patogenów roślin z gatunków Dickeya solani i Pectobacterium atrosepticum w różnych temperaturach” – Natalii Kaczyńskiej (2018), „Charakterystyka genotypowa i fenotypowa bakterii z gatunku Dickeya solani oraz opracowanie nowatorskich metod ochrony roślin przed patogenami bakteryjnymi” – Agaty Motyki-Pomagruk (2019) i Pectobacterium parmentieri: „Charakterystyka bioróżnorodności i pan-genomu bakteryjnych patogenów roślin z gatunku Pectobacterium parmentieri” – Sabiny Żołędowskiej (2019).
Kolejnym etapem prac w naszym zespole były analizy z zakresu metagenomiki i transkryptomiki, będące przedmiotem rozprawy doktorskiej Weroniki Babińskiej-Wensierskiej (2024) pt. ,,Charakterystyka szczepu Pectobacterium aquaticum wyizolowanego z polskich wód oraz zbadanie wybranych czynników bakteryjnych i środowiskowych istotnych dla rozwoju czarnej nóżki i mokrej zgnilizny na ziemniaku”.
Równocześnie kontynuowana była tematyka dotycząca zastosowania nowych technologii w identyfikacji, zwalczaniu i różnicowaniu bakteryjnych patogenów roślin. W roku 2024 Wojciech Śledź uzyskał stopień dr. habilitowanego na podstawie osiągnięcia naukowego zatytułowanego: ,,Opracowanie metod wykrywania, identyfikacji i badania bioróżnorodności bakteryjnych patogenów roślin oraz wykorzystanie zimnej plazmy do ich eradykacji”.
Obecnie w naszym zespole rozprawę habilitacyjną będzie składać dr Agata Motyka-Pomagruk, a rozprawy doktorskie przygotowują mgr Jakub Orłowski oraz mgr Michał Prusiński.
