DATA: zostanie ogłoszona wkrótce KOSZT: zostanie podany wkrótce
Dla kogo przewidziany jest ten kurs?
Kurs skierowany jest do pracowników uczelni wyższych, instytutów badawczych, laboratoriów B+R, inspekcji, a także studentów szeroko pojętych kierunków przyrodniczych oraz medycznych pragnących zdobyć wiedzę oraz poszerzyć swój warsztat badawczy o narzędzia z dziedziny bioinformatyki.
Program kursu
Program szkoleniowy zorientowany jest na przeprowadzenie podstawowych, najczęściej wykonywanych analiz z dziedziny bioinformatyki na rzeczywistych danych biologicznych z nastawieniem na rozwiązanie istotnych problemów badawczych. Nabyta wiedza i umiejętności praktyczne przyczynią się do poszerzenia warsztatu badawczego kursantów oraz przedstawią dobre praktyki zwiększające szansę opublikowania rezultatów analiz w prestiżowych czasopismach. Planowana jest instalacja niezbędnych programów w trakcie trwania kursu na komputerach kursantów oraz wykonywanie analiz in silico na prywatnym sprzęcie. Program szczegółowy:
Dzień I
- Wstęp teoretyczny
- Biologiczne bazy danych (stąd czerpać dane porównawcze, jak je rozumieć i analizować?)
- Pobieranie sekwencji nukleotydowych oraz całych genomów z bazy NCBI
- Omówienie formatów plików w jakich przechowywane są sekwencje nukleotydowe i aminokwasowe
- Analizy dopasowania (uliniowienia) sekwencji nukleotydowych oraz aminokwasowych
- Analizy chromatogramów pozyskanych z sekwencjonowania metodą Sangera. Popularne programy do ich wizualizacji
- Identyfikacja nieznanego drobnoustroju poprzez przyrównanie sekwencji nukleotydowej do sekwencji referencyjnych dostępnych w publicznych bazach danych. Analiza wyników przeszukiwania z zastosowaniem algorytmu BLAST.
Dzień II
- Wstęp teoretyczny
- Wykonanie analizy filogenetycznej: struktura drzewa filogenetycznego, dobór modelu substytucji, metody konstrukcji drzew (metody przyłączenia sąsiadów, średnich połączeń, parsymonii, największej wiarygodności), weryfikacja poprawności drzew
- Projektowanie starterów do reakcji PCR
- Wstęp do genomiki porównawczej. Bazy danych – pozyskiwanie i deponowanie odczytów z sekwencjonowania nowej generacji. Jak analizować takie dane? Przeprowadzenie przykładowych analiz z genomiki porównawczej na zewnętrznych serwerach (porównanie sekwencji całych genomów – przyrównania lokalne i globalne, GGDH, ANI, diagramy Venna, analiza pangenomu, poszukiwanie sekwencji plazmidowych, profagów).
Informacje Organizacyjne
Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS, organizator zapewni dostęp do Internetu. Szkolenie będzie prowadzone w niewielkich grupach (do 8 osób) w Laboratorium Badawczo-Wdrożeniowym MWB UG i GUMed (ul. Podwale Przedmiejskie 20, 80-824 Gdańsk, Polska), co pozwoli na samodzielne przeprowadzenie wszystkich doświadczeń w warunkach umożliwiających zdobycie potrzebnej praktyki laboratoryjnej. Zajęcia będą prowadzone przez doświadczonych pracowników naukowych, specjalistów oraz praktyków z danej dziedziny. Uczestnicy kursu otrzymają certyfikaty potwierdzające udział w szkoleniu i nabycie przedmiotowych umiejętności.
Może potrzebujesz specjalistycznego kursu z zakresu biologii molekularnej, mikrobiologii, norm ISO, bioinformatyki lub chemii, który nie jest jeszcze dostępny w naszej ofercie? Zapraszamy do kontaktu z naszym zespołem – współpracujemy ze specjalistami z różnych dziedzin i możemy przygotować ofertę dostosowaną do indywidualnych potrzeb konkretnej instytucji:
dr Agata Motyka-Pomagruk (agata.motyka-pomagruk@ug.edu.pl; +48 606 406 058)
dr Wojciech Śledź (wojciech.sledz@biotech.ug.edu.pl; +48 603 297 737)
*Zwolnienie z VAT
W przypadku udziału w szkoleniu pracownika podnoszącego kwalifikacje zawodowe i finansowaniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku VAT po dostarczeniu odpowiedniego oświadczenia. Oświadczenie powinna podpisać osoba upoważniona. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane w trakcie rejestracji na kurs; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia.